独立行政法人 情報処理推進機構にて、JIS2004 対応のIPA フォントの Ver.003.01 が公開されています。
JIS2004 対応フォントとしては、Microsoft から提供されているメイリオがすぐに思い浮かぶかと思いますが、当然のことながら、再配布は禁止。改変についてもグレー。しかし IPA フォントについては、改変・再配布ともに可能となっています。JIS2004 対応フォントとして、メイリオ以外の選択肢の1つになるのではないでしょうか。