MSのFATシステム特許は有効--米特許商標庁が裁定とのこと。
Microsoft の FAT ファイルシステムの新規性および非自明性が認められた訳ですが、これにより FAT ファイルシステムをライセンス化することができるようになります。FAT ファイルシステムは結構多くのところで使用されていて、もしライセンス化された場合はあちこちで悲鳴が起きるのではないでしょうか。
もしライセンス化された場合、個人的に気になるのは、FAT ファイルシステムを使用した製品のライセンス料を賄うための値上げというのもありますが、Linux や UNIX での FAT ファイルシステムのサポートの問題だったりします。Samba あたりも影響を受けるのではないでしょうか。
画像フォーマットの gif の特許と同様に、ライセンス化して過去にさかのぼってまでライセンス料を徴収するようなことにでもなれば、非難されることは間違いなしでしょう。